بخش اول:
الف ـ اعدام :
مدتهاست که در اکثر کشورها، اعدام از مجموعه مجازاتهای مقرر برای مجرمان سیاسی حذف شده است. گرچه اعدام اصولاً در برخی کشورها در مورد هیچ جرمی به اجراء در نمیآید، ولی اولین گامهای مؤثر در جهت حذف این مجازاتها به گواهی آقای محمدرضا زنیعلی در کتاب جرم سیاسی و حقوق جزای اسلامی، با طرح مسأله در خصوص مجرمان سیاسی برداشته شد و اکنون نیز که به لحاظ بروز نارسائیهایی که در سیستمهای کیفری باقی مانده تقریباً این سیستمها در کاهش جرایم و ناهنجاریهای اجتماعی ناتوان عمل نمودهاند و زمزمههای احیای مجدد مجازاتهای سخت و سنگین همچنین اعدام وجود دارد.

البته در خصوص بسیاری از جرائم مرتبط و مرکب که ماهیتی صرفاً سیاسی ندارد، هنوز هم همانند جرائم عادی ممکن است از مجازاتهای سختی همچون اعدام، استفاده شود ولی جرائم سیاسی محض، از این موضوع مستثنی شده است. شاید علّت این امر همان جنبه حمایتی قانون و قانونگذار از مجرم سیاسی است. زیرا چنانچه مطرح شد جرم سیاسی از سایر جرائم متفاوت بوده و وجه تمایز آن بیشتر امتیازاتی است که قانون برای مجرم سیاسی در نظر گرفته است. از این رو نمیتوان مجرمی را که از چنین حمایتی در نزد قانون برخوردار است محکوم به شدیدترین نوع مجازات یعنی نابودی و نیستی (اعدام) محکوم نمود و بدین لحاظ اعدام مجرم سیاسی با هیچ منطق و وجدانی همخوانی ندارد.
ب ـ مجازات بدنی :
اینگونه مجازاتها شامل کیفرهایی میشود که مربوط به جسم مجرم است. برخلاف مجازات اعدام که مربوط به جای وی میشود. به زبان بهتر در مجازاتهای بدنی برعکس مجازات اعدام، کیفر جرم منوط به گرفتن جان وی نیست بلکه شامل آزار و اذیت جسمی او میشود. البته شاید اشکال شود که عموماً اعدام نیز در دسته مجازاتهای بدنی قرار میگیرد، امّا از آنجا که ما ابتدائاً اعمال مجازات اعدام را در مبحثی جداگانه بیان کردیم و نظر به اینکه با وجود چنین سیستمی در دستگاه کیفری جرم سیاسی مخالفت کردیم، چنین ایرادی وارد نخواهد بود.
مجازاتهای بدنی اغلب از قطع نمودن عضو و شلاق و سایر مواردی که آسیب جدی به جسم افراد است، تشکیل میشود. امّا با توجه به مسائل روز و خصوصیات جرم سیاسی امروزه مجازات جرائم سیاسی را نمیتوان تحت عنوان قطع عضو مطرح نمود. علیالخصوص اینکه چنانچه قبلاً نیز اشاره شد چنین مجرمانی از امتیازات خاصی برخوردارند امّا ممکن است این مجازات در قالب شلاق خودنمایی کند.
ج ـ مجازاتهای سالب آزادی یا محدود کنندهی آن :
اکثر مجازاتهای جرائم سیاسی سالب آزادی هستند که قانونگذار ایران در مورد چنین مجرمانی از این حربه استفاده میکنند. ممکن است کیفر سالب آزادی در حد خفیف آن نیز جلوه کند که در نوع اول عبارت است از مجازات محدود کنندهی آزادی.
تفاوتی که این دو با هم دارند این است که در نوع اول مجرم به طور کلی آزادی خود را از دست میدهد امّا در نوع دوم این آزادی محدود میگردد. به عبارت دیگر سالب آزادی اعم از محدود کننده آزادی است.
بارزترین مثال برای کیفر سالب آزادی (حبس) میباشد که جرم در یک محدودهی کوچک (مثلاً زندان) دوران محکومیت خود میگذارند، امّا در کیفر محدود کنندهی آزادی مانند تبعید فرد در محیطی کوچک حبس نمیشود بلکه از جامعه وطنی خود طرد شده و با اجبار به ترک محل زندگی و اجبار به اقامت در محل دیگری (شهر و دیار دیگر) آزادی وی سلب میشود.
د ـ مجازاتهای سالب حق :
اینگونه کیفرها که خود نوعی مجازات بازدارنده محسوب میشوند طبق ماده ۱۹ قانون مجازات اسلامی وجهه قانونی پیدا میکند و در ماده ۲۰ همین قانون عنوان محرومیتهای اجتماعی یا محرومیت از حقوق اجتماعی را دارند. این مجرومیت انواع مختلفی دارد که از آن جمله است محرومیتهای مالی یا سیاسی یا حقوقی و یا اجتماعی.
محرومیتهای مالی آن است که شخص از دخالت در اموال و امور اقتصادی خود باز میماند. مانند ورشکستگانی که در حقوق تجارت مورد بحث قرار میگیرند. با این تفاوت که محرومیت ورشکسته جزء کیفرهای حقوق خصوصی است ولی در حقوق جزا این محرومیت به صورت بازداشت و توقبف اموال و مجازاتهای مشابه آن مطرح میشود.
محرومیتهای سیاسی هم شامل ممنوعیت از نامزدی در انتخابات (ریاست جمهوری، مجلس و شوراها) و یا سایر محرومیتهای سیاسی که معمولاً دادگاه میتواند در مورد هر مجرم دیگری ولو مجرم غیرسیاسی در صورت احراز نیاز اعمال نماید.
نوع دیگر این محرومیتها حقوقی است. یعنی فرد از اعمال حقوقی خود منع میشود که شاخه های متعدد دارد. مثل ممنوعیت حضانت (طفل) یا حق ولایت و قیمومیت و ممنوعیتهایی در معاشرت و مراودات با افراد جامعه قابل بررسی است.